2016年1月11日，微信之父張小龍時隔多年的公開亮相，解讀了微信的四大價值觀。張小龍指出，越來越多産品通過公衆号來做，因爲這裏開發、獲取用戶和傳播成本更低。拆分出來的服務号并沒有提供更好的服務，所以微信内部正在研究新的形态，叫「微信小程序」。

2016年9月21日，微信小程序正式開啓内測。在微信生态下，觸手可及、用完即走的微信小程序引起廣泛關注。騰訊雲正式上線微信小程序解決方案，提供小程序在雲端服務器的技術方案。

2017年1月9日0點，萬衆矚目的微信第一批小程序正式低調上線，用戶可以體驗到各種各樣小程序提供的服務。

2017年12月28日，微信更新的 6.6.1 版本開放了小遊戲，微信啓動頁面還重點推薦了小遊戲「跳一跳」，你可以通過「小程序」找到已經玩過的小遊戲。

2018年1月18日，微信提供了電子化的侵權投訴渠道，用戶或者企業可以在微信公衆平台以及微信客戶端入口進行投訴。
2018年1月25日，微信團隊在“微信公衆平台”發布公告稱，“從移動應用分享至微信的小程序頁面，用戶訪問時支持打開來源應用。同時，爲提升用戶使用體驗，開發者可以設置小程序菜單的顔色風格，并根據業務需求，對小程序菜單外的标題欄區域進行自定義。

2018年3月，微信正式宣布小程序廣告組件啓動内測，内容還包括第三方可以快速創建并認證小程序、新增小程序插件管理接口和更新基礎能力，開發者可以通過小程序來賺取廣告收入。 除了公衆号文中、朋友圈廣告以及公衆号底部的廣告位都支持小程序落地頁投放廣告，小程序廣告位也可以直達小程序。

2018年7月13日，小程序任務欄功能升級，新增“我的小程序”闆塊；而小程序原有的“星标”功能升級，可以将喜歡的小程序直接添加到“我的小程序”。
2018年8月10日，微信宣布，小程序後台數據分析及插件功能升級，開發者可查看已添加「我的小程序」的用戶數。此外，2018年8月1日至12月31日期間，小程序（含小遊戲）流量主的廣告收入分成比例優化上調，單日廣告流水10-100萬區間的部分，開發者可獲得的分成由原來流水的30%上調到50%，優質小程序流量主可獲得更高收益。

2018年9月28日，微信“功能直達”正式開放，商家與用戶的距離可以更“近”一步：用戶微信搜一搜功能詞，搜索頁面将呈現相關服務的小程序，點擊搜索結果，可直達小程序相關服務頁面。

2019年8月9日，微信向開發者發布新能力公測與更新公告，微信 PC 版新版本中，支持打開聊天中分享的小程序。安裝最新PC端測試版微信後，點擊聊天中的小程序，便會彈出小程序浮窗。而在小程序右上角的操作選項中，可以進行“最小化”操作，讓微信小程序像其他PC軟件一樣最小化，排列于Windows系統的任務欄中。